Провели в 3кв 2008г 2 операции и подали декларацию о доходах, хотя в это время были на упрощенке? Что сейчас можно сделать? И что-то нам грозит или нет если все всплывет?????

Да ничем!
Просто сейчас в догонку подайте за этот период отчет по ЕН!
За его несвоевременную подачу нет ШС!
А для полного счастья можете написать в произвольной форме на имя начальника ГНИ заявление о том, что типа прошу ранее поданные декларации о доходах за такой-то период считать ошибочными, т.к. в это время я находился на упрощенной системе н/о с уплатой ЕН и мною поданы отчеты по ЕН, типа отзываю ранее поданные декларации (вх.№ такой-то от такого-то числа).