Здравствуйте!У меня магазин работает с февраля месяца,мне выдали договор аренды,где указали сумму которая составляет 250 гр (аренды)в месяц без учета НДС.Оплачиваю 2350 без комунальной!как мне составлять отчет для налоговой и может ли на меня,это как то повлиять!

Ничего не понятно.
Вопрос о чем?

нужно уточнять в налоговой

Вы являетесь Арендатором помещения, в котором находится магазин? И кто выдал вам договор аренды? Предыдущие Арендаторы? Кто договор подписал?
Возможно вам просто необходимо подписать новый договор аренды?
Договор аренды на 250 грн., но на самом деле арендодатель от вас наличными получает 2350? А квитанцию выписывает на 250?
Арендодатель наверное находится на едином налоге 3 группа 5% (это вы можете уточнить, к тому же он обязан вам предоставить свидетельство об уплате единого налога и там все написано).
Соответственно, в отчетности он указывает сумму, указанную в договоре и платит 5% от 250 грн., а не от 2350.
Поговорите с Арендодателем и подпишите новый договор аренды.