Чем грозит и как можно исправить, если оплатила по выставленным счетам юр. лицам за аренду, свет и пр. за другого предпринимателя со своего р/с? Оба на ЕН.

Не можете.
У юр.лиц теперь по ФЛП-1 переплата не понятно за что, т.к. с ним нет ни договоров, ничего; а по второму - задолженность так и осталась.
Писать письма на возврат, а затем платить правильно.
А зачем вы так платили?

Бухгалтером деньги оприходован. Когда проплачивала, в назначении платежа указывала на кого зачислить соответственно. Если это уже сделано, как правильно поступить в этой ситуации:
- написать письмо на возврат перечисленных средств на мой р/с и затем оплатить с банка?
- если написать юр.лицу письмо - прошу зачислить такие-то суммы с моего счета, но тогда как все это разрулить в моих документах, что бы не возникло проблем с налоговой в будущем.
По одному проплаченному счету у меня с этой организацией есть договор - можно написать письмо о перечислении по моему договору, и будет идти как переплата, верно?

Про бухгалтера не поняла. Если вы платите со своего р/с, то плательщик - именно вы, не смотря на то, что написано в платеже.
1) да, это наиболее правильный вариант
2) можно попробовать договор о переуступке долга - но я юр. тонкостей не знаю, не сталкивалась
3) да, но обязательно свертесь что у вас там сейчас

При возврате средств, мне не нужно будет их очередной раз записывать в книгу расходов-доходов?
Спасибо за ваши консультации.

292.11. До складу доходу, визначеного цією статтею, не включаються:

5) суми коштів (аванс, передоплата), що повертаються покупцю товару (робіт, послуг) - платнику єдиного податку та/або повертаються платником єдиного податку покупцю товару (робіт, послуг), якщо таке повернення відбувається внаслідок повернення товару, розірвання договору або за листом-заявою про повернення коштів;

А если мне откажут в возврате этих средств, или, например, смогут их вернуть в след квартале?