Есть товар но нет накладных на него, т.к. он был произведен СПД.
Грубо говоря, на сырье, которое применялось при его изготовление тоже документов никаких, точней есть но не на все! Соответствующий код КВЕДа в видах деятельность есть. (Виробництво iнших непродовольчих товарiв). Как быть с налоговой на случай проверки?

Необходимо сделать Нормы расхода сырья и материалов для изготовления ед. родукции, калькуляцию -которымы вы и докажете, что всё входящее преобразовывается у вашу продукцию. Правда далее возникает вопрос А где это производство находится? ...квартира и жилой фонд не подходит по закону.. нужна как минимум аренда и Дозвильна документация.

Находится на территории арендуемого торгового зала, т.е. часть его оборудовано под мастерскую. Т.е. это скорей мастерская, чем производство. Или суть от этого не меняется? И что это за Дозвильна документация?

Всё это очень индивидуально... По закону у вас должно быть разрешение от пожарников, оно у вас наверное дла торговли, а для производства или мастерской требования другие. Дозвил на початок робит от пожарников на сегодня это основной документ, который вытянет на свет и др. -электрику и пр.
Но если у вас там всё небольшое и несложно и пож. проверяют не сильно, Вы на ЕП без ПДВ, то налоговой бывает достаточно и калькуляции, разрешения это не её парафия.(..это где как)..

Если Вы единщик 1, 2 или 3й (без учета НДС) группы, то калькуляция Вам не нужна. Налогом облагается доход от реализации, а не прибыль. Налоговую не интересует купили вы то или иное изделие, или изготовили самостоятельно. Их интересует только сколько изделий и по какой цене Вы реализовали.

P.S. Если, конечно, производство таких изделий не подлежит лицензированию, и не запрещено для "единщиков".

Если 3й (с учетом НДС) и 4й- тогда конечно нужно отчитываться по затратам.

Всё это так, если считать что документы на товар сегодня не нужны...но некоторые считают по другому - тогда и возникает вопрос Как легализовать продукцию собственного производства?

Просто четко разграничьте ваш ассортимент: что вы купили-продали, а что изготовили сами и потом продали.