Наемный работник был принят на работу к СПД в январе 2009 года. Случайно, по невнимательности он не был включен в ведомости по заработной плате за период с января 2009 по март 2009 года (три месяца). В апреле 2009 был сделан перерасчет и заработная плата выплачена полностью за весь период (за три месяца). Ответственен ли СПД за такое происшествие перед центром занятости и какие штрафные санкции могут быть применены?

Трудовой договор был с регистрацией в ФЗ? Если был и Вы как пишете исправились и всё выплатили (кстати с индексацией и компенсацией за задержку?), то Вы также должны были исправиться по отчётам. При этих исправлениях Вам и должны были ВСЕ фонды, а не только ФЗ, насчитать санкции. Кажется там были санкции по ФЗ, ФСС, ПФ, ФСНС как за занижение фонда оплаты труда, а по НДФЛ - только пеня, да и то если сами исправлялись - то можно и без пени, т.к. 1ДФ тогда не была налоговой декой и не было просрочки, т.к. удержали и перечислили сразу при исправлении.