Ответьте, пожалуйста, чем грозит торговля в арендуемом ФОП помещении без книги, причем продавец работает без трудового договора, также отсутствует лицензия на торговлю?
И может ли при такой деятельности пострадать владелец арендуемого помещения?

Арендатору это ничем, кроме реального шанса остаться без арендодателя, в случае наложения на него больших штрафоф, не грозит. А вот если, к примеру гражданин Козодоев К,К, владелец помещения а он же но ФОП Козодоев К.К. - тогда в случае неоплаченых штрафоф могут наложить арест на помещение.

но спокойней будет, если составить договор аренды в котором прописать, что арендодатель не несет ответсвенность за деятельность арендополучателя

Все зависит от того, кто придет на проверку. Но хорошего мало.

А можно конкретнее, чем это грозит для арендодателя, если условие ответственности в договоре не прописано?

Если ФОП не арендует сам у себя, то НИЧЕМ кроме возможного разрыва договора аренды не грозит, даже если ничего не прописано об этом в договоре аренды. Ответсвенность только в рамках действующих правоотношений, а по договору аренды — это только АРЕНДА. Другое дело если это договор о совместной деятельности.